臺灣的魚類分為盲鰻綱、軟骨魚綱、條鰭魚綱，共分為47目，其中河川魚類分屬13目，約160種（含河口魚類）。有較常見之鯉目、鰻目、鯰目、鮭目、鱸目、合鰓目等，主要分布在臺灣溪流及水庫、湖泊、水壩等淡水水域，其中特有種約30餘種，例如櫻花鉤吻鮭、高身鏟頜魚、埔里中華爬岩鰍、臺灣馬口魚等獨具代表性的特有魚種。
從古至今，魚類是水域生態重要的物種與指標並可供食用，與我們的生活息息相關，惟大眾普遍對溪流水域資源的瞭解及重視不夠，近年來加上以電魚、毒魚、炸魚等非法方式濫捕、河川水體污染及興建水壩、攔砂壩，都造成了直接的傷害與魚群分布遭阻隔等間接問題，使魚類的數量、種類急遽銳減，目前已有20種以上瀕臨絕種或已經絕種，如櫻花鉤吻鮭、臺灣白魚、臺灣鮰等在自然河川中已不易見到。造成牠們最大的生存威脅的我們，同時也是牠們最大的希望，即刻節約用水、愛惜水資源、適量的取用等，才是我們應有的作為。
