臺灣位處熱帶、亞熱帶，面積雖小但生態環境多樣化，全島面積中52％為森林所覆蓋，林地中又有62％維持原始狀態；臺灣區擁有豐富的動植物資源，其種類之多及珍貴稀有之處舉世聞名，在臺灣已記錄之維管束植物逾4000餘種，其中約25％為特有種，野生動物（包含哺乳類、鳥類、爬蟲類、兩棲類、淡水魚類、蝴蝶及其他已命名之昆蟲）計18,400餘種，其中特有種占20％以上。如此豐富之動植物資源及高比例之特有種，在學術研究、資源保育上深具重要性。

本島生態環境主要受到海拔高度、氣候和土壤的影響。由於雨量、溫度和海拔高度的關係非常密切，而山區的土壤性質大致相似，因此海拔高度便成為植物群系的最佳指標。
以下則分別略述每種植物型和其間的重要動物種類：
(一) 高山寒原群系大致位於海拔3,500公尺以上的地區，主要由矮灌叢、矮竹和草本植物所組成，可分成草本植物群落和香柏高山杜鵑組成的灌叢群落等兩種群落。在此生育地內的動物種類包含哺乳動物黃鼠狼、臺灣長鬃山羊、水鹿及嚙齒類動物等；鳥類包括帝雉、煤山雀、灰頭花翼畫眉、火冠戴菊鳥、鷦鷯、岩鷚和朱雀等。在一些地方可發現稀有的雪山草蜥和臺灣山椒魚。
 (二) 亞高山針葉森林群系主要分布於海拔3,000到3,500公尺之間，此區的森林形成臺灣山區的林木界線，此植物帶的分布範圍主要受到氣候因子的控制。就植物帶的組成種類而言，構成森林的優勢種為香柏和冷杉，同時其地表植物則為矮竹或高山草本植物。
棲息於此區域的重要哺乳類動物包括水鹿、山羌、臺灣長鬃山羊、臺灣黑熊、臺灣獼猴、野豬和黃鼠狼等；鳥類有帝雉、烏鴉、星鴉、煤山雀、黃羽鸚嘴、灰頭花翼畫眉、鷦鷯、阿里山鴝、火冠戴菊鳥、岩鷚、朱雀等；兩棲類方面只有楚南氏山椒魚等種類曾在此區域出現的紀錄。
(三) 冷溫帶山地針葉林群系主要由鐵杉和雲杉兩個終極群落所組成，其中鐵杉分布範圍較廣，雲杉則分布於較潮濕且較肥沃的地區，臺灣二葉松和華山松為此森林型的重要先鋒植物。此森林分布於海拔2,500到3,000公尺之間，暖溫帶山地針葉樹林的植物有時會侵入此區域內而形成混合林，因此其下方界線呈不規則形態，有時候甚至無法分辨。
此森林型的地表植物為矮竹和灌叢，此植物帶提供動物豐富的生育地，因此不僅前述所提到的哺乳類動物在此均可發現外，同時尚有白面鼯鼠等種類；雪山草蜥、臺灣山椒魚、楚南氏山椒魚和3種蛙類在此區域內發現過；鳥類種類也相當多，臺灣14種特有種的鳥類中，在此海拔高度中可見到12種，同時可見到啄木鳥科、鵲科、山雀科、雀科以及所有在較高海拔地區所發現的鳥類。
(四) 暖溫帶山地針葉林群系大致分布於海拔1,400到2,500公尺之間，此森林的界線通常不很明顯。在較低海拔地區，森林組成因地形和土壤類型而有很大的差異。紅檜和扁柏為主的優勢種，此2種樹不但是臺灣島的特有種，同時也是廣闊的原始針葉林帶中最重要的組成樹種。由於此植物帶和暖溫帶雨林重疊，許多常綠闊葉樹種也同時出現在此植物帶內，因此成為針葉林和闊葉樹林的過渡帶。
此植物帶的較高海拔地區（2,000公尺以上），以因火災所造成類似草原的植物為主，平常則稱之為高山草原，其優勢種為高山箭竹和菅草，菅草很少生長於林地內。此植物帶為臺灣島上動物群落最豐富之處，記錄的鳥類超過 120種，在臺灣島上的53種蛇類中，有 77.4％在此山區中被發現。經過調查研究後，可證明此植物帶中的爬蟲類動物非常豐富。而哺乳類動物則有野豬、山羌、水鹿、臺灣長鬃山羊、水獺 、黃喉貂、臺灣黑熊、黃鼠狼，白鼻心、麝香貓和臺灣獼猴等。
 (五) 暖帶山地雨林群系在臺灣北部分布於700至1,800公尺之間，在南部地區則介於900到2,100公尺之間，雨林大都位於肥沃潮濕的平坦坡地上，除了冷杉之外，其餘植物群系中所有的針葉樹種在此群系中均有。此群系的特徵即植物種類非常多，幾乎無任何單一種類所構成的純林，而在每一林地中，常有一些在不同演替階段的小地區，此點顯示出闊葉樹群落經常受到一些區域性的不規則干擾，因而同時存在不同演替階段的植被。
植物帶中曾發現之哺乳動物包含穿山甲、野豬、山羌、臺灣長鬃山羊、水獺、黃喉貂、黃鼠狼、白鼻心、麝香貓、石虎、雲豹、大赤鼯鼠、赤腹松鼠和臺灣彌猴；有18種以上的兩棲類可在此區中發現，而且相當常見；爬蟲類可能將近53種之多，但對其確實的分布情形，則需進一步的研究。此植物帶提供鳥類族群絕佳的生育地，可說是目前所知臺灣鳥類群落在此棲息之種類最多之處。在此群落中成熟的天然林地內，其棲息的的鳥類常超過100種，其中約有65％係屬於臺灣的留鳥。
 (六) 熱帶雨林群系在北部為分布於海拔700公尺以下地，南部則位於900公尺以下的地區，但西部海岸平原除外。此區域內的原始林幾乎已完全破壞殆盡，僅有小部份極盛相群落的種類散佈於零星地區。此森林群系提供許多古老植物種類一個相當好的保護場所。本島的兩棲類動物中，約 78.6％在此區域出現過，而許多爬蟲類動物則棲息於平原和山坡地區。哺乳類動物則有野豬、穿山甲、白鼻心、臺灣獼猴及野兔。雖然在生育地內的鳥類種類不及較高地區的植物帶，但數量卻相當多。由於此區域緊臨人類的各項開發活動，因而受到嚴重的破壞和干擾，使其更加易受危害。
分在於臺灣沿岸地區而有兩種類型：
1、在小溪及安靜海灣的河口地區，紅樹林生長於潮汐帶上
2、在砂礫海岸地區，海岸林則往外延伸到高潮線。
臺灣紅樹林的分布地有限，水筆仔在北部地區形成純林，其餘的5種紅樹林植物則分布於南部地區。臺灣的海岸林僅分布南端的岬角地區，其群落主要為棋盤腳和葛塔德木所組成。海岸林的分布面積很小，因此無法獨自供應哺乳動物或鳥類之生存所需，但臺灣低地常見的許多鳥類則常至此活動，此外亦可發現許多的蜥蜴、蛇類及海龜等。另外在北部的紅樹林，提供少數僅存鷺鷥鳥結巢之場所。候鳥為此植物帶的主要特徵，每當遷徙季節，至少可看到 200種以上的鳥類，其數量相當龐大。有部份河口地區和其鄰近的林地，已經在政府的保護下成為鳥類保護區，或是正在設法使其成為保護區。
(七) 熱帶疏林群系僅分布在西部平原沿海的新生地，面積很小，為草原上散生一些灌叢和樹木。由於此群系靠近海岸，因此有許多疏林已經被一些海濱植物侵入。此群系的結構很簡單，種類也有限。

臺灣的哺乳類動物有62種，其中屬於特有種的13種，而特有種中屬於大型哺乳類動物則只1種。在特有種中，臺灣彌猴在其適合的生育地中仍相當普遍；梅花鹿在野外已經絕滅；雲豹已經有很多年未曾在野外被發現過；臺灣黑熊則一向屬於生態上的稀有種；同時水鹿、山羌、穿山甲、黃喉貂、狐蝠和石虎等則均屬於受威脅物種。兩棲類動物非常豐富，蟾蜍和青蛙等計26種，其中有6種屬於臺灣的特有種。楚南氏山椒魚和臺灣山椒魚為冰河時期所遺留下來的孑遺種。
臺灣爬蟲類的種類遠比兩棲類多，計23種蜥蜴、 9種海龜、44種陸域蛇類，以及 7種海蛇。這些爬蟲類中，11種蛇類和7種蜥蜴為臺灣的特有種，其中 7種蛇類和 5種蜥蜴屬於稀有種。臺灣有記錄的鳥類約有400餘種，其中只有 39％屬於永久性的留鳥。臺灣位於東亞鳥類遷徒路線的中途站，超過90種以上的候鳥從亞洲大陸和日本到此處來避冬，黑面琵鷺即為其中之一；少數中南半島和澳洲、太平洋的鳥類則於冬天時到此處繁殖。在所有的鳥類中，有17%屬於過境鳥，另外20％在紀錄上屬於迷鳥。留鳥中約10％的種類屬於特有種。
帝雉和藍腹鷴由於具有隱匿性的天性，因此其數量可能較想像中還要多一些；黃山雀則可能屬於生態上的稀有種；而臺灣藍鵲則因過度的捕捉而易受到危害。臺灣的蝴蝶超過400種，其中有50種特有種。在臺灣可見到3種蝴蝶密集的類型：第一種即在其適宜的生育地內；第二種為當蝴蝶遷徒時；第三種為避冬棲息時。有許多種蝴蝶屬於稀有種，但是對其生活史、生物習性等仍有待研究。

臺灣本島面積約36,000平方公里，因其地形複雜，氣候合宜，孕育豐富之植物資源，全島計有維管束植物4,021種，包括74亞種及370變種，分屬於1,360屬228科，包括種子植物之裸子植物8科、16屬、28種，被子植物182科、1,184屬、3,395種及蕨類植物38科、160屬、598種。全島平均每平方公里有植物0.111種，而鄰近之菲律賓每平方公里有0.021種；日本每平方公里有0.014種；海南島則每平方公里平均有0.043種。故本島植物之種數與鄰近地區相比較，相對而言可稱眾多。

  臺灣及附近的魚類約有2,500種之多，淡水魚類則約有150種，其中完全生活於淡水中的魚類約有70餘種。臺灣的主要河川計有21條，其中對魚類較重要的有13條。位於東部的3條主要河川（和平溪、立霧溪、南澳溪），由於河流湍急，大部份魚類無法生存，只有少數魚類（如臺灣鏟頜魚）生活著。大部份的魚類分布於海拔1,000公尺以下的地區，只有15.1％的魚種出現1,000公尺以上的地區，其中櫻花鉤吻鮭（俗稱梨山鱒）為陸封性鮭魚類，屬於孑遺種。